Sejarah berdirinya BKPM Wilayah Magelang dimulai dengan dibentuknya BP4 Magelang oleh Departemen Kesehatan yang berada di daerah Kwarasan di Jalan Sumbing No. 2 Kecamatan Magelang Selatan Kota Magelang.
Sesuai dengan KepMenKes no 144/ Menkes/SK/IV /1978 tentang tugas, fungsi dan struktur organisasi, dinamakan Balai Pengobatan Penyakit Paru-Paru (BP4) yang berada dibawah naungan Direktorat Pelayanan Kesehatan Masyarakat Dirjen Pembinaan Kesehatan Masyarakat.

Seiring dengan perkembangan dinamika perpolitikan negara di era Otonomi Daerah, berdasarkan KepMenKes no 909/SK/VIII/2001 pengelolaan BP4 Magelang dilimpahkan ke Pemerintah Kota Magelang. Berlanjut dengan Surat Keputusan Wali Kota no 061/1199/113 tanggal 26 April 2002 menyerahkan kewenangannya kepada Pemerintah Provinsi Jawa Tengah dan terbit Surat Keputusan Gubernur, BP4 Magelang menjadi salah satu UPT Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Tengah dengan nama SATUAN KERJA KHUSUS PENCEGAHAN DAN PENGOBATAN PENYAKIT PARU (Satker Khusus P4) saat itu secara hukum berada dibawah BP4 Klaten (UPT Dinas Kes Provinsi),
Kegiatan yang menonjol selama menjadi Satker adalah kegiatan Upaya Kesehatan Perorangan (UKP) Sedangkan Upaya Kesehatan Masyarakat (UKM) tetap dijalankan meski minimal dengan mengadakan penyuluhan dan pendidikan kesehatan perorangan di dalam gedung.

Dengan diterbitkannya Peraturan Daerah Provinsi Jawa Tengah No. 5 th 2006, pada bulan Maret 2006 mengembalikan nama Satker Khusus P4 Magelang menjadi BP4 Magelang.
Dalam perda tersebut BP4 Magelang mempunyai 10 Kab/Kota sebagai wilayah Kerja, meliputi ; Kota Magelang, Kab Magelang, Kab Purworejo, Kab Temanggung, Kab Wonosobo, Kab Banjarnegara, Kab Kebumen, Kab Cilacap, Kab Purbalingga, Kab Banyumas. Setelah terbit Perda No 5, BP4 Magelang Mulai aktif mengadakan Sosialisasi ke Tk II dan ke daerah dalam lingkup wilayah kerja.

Gedung pelayanan yang digunakan sejak berdiri pertama kali hanya seluas 250 m2, pinjaman dari pemerintah kota Magelang. Baru pada akhir tahun 2006 dengan dana APBN dibangun kantor baru BP4 seluas 400 m2 dua lantai diatas tanah Pem Prov Jawa Tengah.

Sesuai Perda Jawa Tengah No 48 th 2008 nama BP4 berubah manjadi Balai Kesehatan Paru Masyarakat (BKPM) Wilayah Magelang, dengan wilayah kerja Kab. Magelang, Kodya Magelang, Kab Purworejo, Kab Wonosobo, Kab Banjarnegara, Kab Kebumen, kab Cilacap, Kab Purbalingga, Kab Banyumas.

Mulai 1 Muharam 1430 Hijriah, atau 10 Januari 2009, pelayanan BKPM Magelang pindah dari gedung lama ke gedung baru yang beralamat di Jl Jendral Sudirman 46B Magelang.